Reichsführer-SS được xác định trong hệ thống cấp bậc SS là cấp bậc cao nhất có thể có của Allgemeine-SS. Tuy nhiên, đối với Waffen-SS, mối tương quan lại biến chuyển từ xác định rõ ràng đến liên kết mơ hồ.

Waffen-SS ban đầu là một đơn vị SS vũ trang nhỏ gọi là SS-Verfügungstruppe, và trong những năm 1930, dưới sự chỉ huy của Himmler, tư cách là Reichsführer-SS. Tuy nhiên, tồn tại một số khía cạnh của SS vũ trang độc lập với quyền hạn của Reichsführer, VD như trong đơn vị vệ sĩ đặc biệt được gọi là SS-Leibstandarte. Mặc dù trên danh nghĩa, đơn vị này dưới quyền của Himmler, tuy nhiên Sepp Dietrich mới là chỉ huy thực sự và xử lý việc điều hành hàng ngày.[8]

Waffen-SS cuối cùng đã phát triển từ ba trung đoàn lên hơn 38 sư đoàn và phục vụ cùng với Quân đội Đức, nhưng không bao giờ chính thức là một phần của nó.[2] Trong Thế chiến thứ hai, quyền lực của Reichsführer-SS đối với Waffen-SS chủ yếu mang tính hành chính. Thực tế, Allgemeine-SS chỉ kiểm soát về các hoạt động cung ứng và hậu cần cho Waffen-SS. Himmler tuy có quyền hạn thành lập ra các sư đoàn Waffen-SS mới (hoặc những đơn vị chiến đấu SS nhỏ hơn), nhưng chủ yếu là việc thanh tra và trao huy chương cao cấp cho các sĩ quan của Waffen-SS.

Reichsführer-SS không bao giờ thực thi quyền hành trực tiếp đối với các đơn vị Waffen-SS cho đến khi kết thúc chiến tranh. Trong giai đoạn cuối chiến tranh, Himmler từng có thời gian ngắn chỉ huy các đơn vị Waffen-SS, nhưng với tư cách là Tư lệnh của Cụm tập đoàn quân chứ không phải là người đứng đầu SS. Các chỉ huy hàng đầu của Waffen-SS, chẳng hạn như Sepp Dietrich, Wilhelm Bittrich, và Matthias Kleinheisterkamp, luôn duy trì một sự dè bỉu nhất định đối với Himmler, mô tả ông ta là "ranh mãnh và bất ổn".[9]